Le 15 juin 1941, les Britanniques lancèrent une offensive majeure en Afrique du Nord connue sous le nom de "Battleaxe". L'objectif était de soulager Tobrouk mais l'offensive s'est rapidement soldée par un échec. Seule une troisième attaque à Capuzzo a remporté un certain succès. Après l’opération "Battleaxe", la situation au sol dans le désert occidental est restée calme pendant cinq mois. L'investissement de Tobrouk s'est poursuivi et chaque camp a gardé un œil attentif sur l'autre et s'est installé dans une routine quotidienne.
A cette époque, la disponibilité en Bf-109 en Afrique du Nord, toujours composée des trois Staffel du I./JG 27 du major Eduard Neumann, est rejointe par le 7./JG 26 qui vole de Molaoi à la Libye ce jour-là. Neumann devait dire de ses visiteurs « Le 7./JG 26 a joué un « rôle d'invité » en Cyrénaïque pendant une courte période à la mi-1941. A cette époque le I./JG 27 était la seule unité de chasse allemande en Afrique du Nord. Son Kapitan, Oblt. Muncheberg, a été autorisé à planifier et à exécuter les missions de son Staffel sans entrave de ma part. Je crois avoir raison de dire que le Staffel n'a pas eu beaucoup de succès en Afrique, car l'avance britannique a été stoppée très rapidement. Mais Muncheberg était un leader énergique ; il était l'un des grands chefs de la Luftwaffe. »
La première opération effectuée par les unités combinées a eu lieu le 15 juin lorsqu'elles ont engagé les Hurricanes des 73 et 274 Sqns. près de Sidi Barrani et en abattit cinq dont un revendiqué par le Fw. Karl-Heinz Ehlen du 7./JG 26. Deux Bf-109 du I./JG 27 sont perdus, dont le pilote Uffz. Heinz Greuel du-1. Staffel, tué. Deux jours plus tard, le lieutenant Heinz Schmidt du 3./JG 27 réclamait quatre Hurricanes, Marseille deux de plus et le Fw. Karl Mentnich un septième. oblt. Klaus Mietusch du 7./JG 26 a également détruit un Hurricane tandis qu'Ofw. Hermann Forster du 3./JG 27 a réclamé un "Brewster", en fait probablement l'un des Tomahawks nouvellement arrivés. Le 18 juin, la première victime signalée par le 3./JG 27 est survenue lorsqu'un Bf-109E-7 s'est écrasé près de Gambut et a été endommagé à 40% mais le I./JG 27 a réclamé trois Tomahawks du 250Sqn. Deux jours plus tard Oblt. Muncheberg a remporté sa première victoire . Un Hurricane à l'est de Buq Buq.
Le filtre à sable est devenu obligatoire. ici le 109 de l'as HJ Marseille dont nous reparlerons
Le 23 juin, le I./JG 27 a été signalé comme ayant 35 Bf-109E-4 dont 26 étaient utilisables. Les six Bf-109E-7 du 7./JG 26 étaient disponibles mais ils fonctionnaient sans équipement tropical. Les succès des unités de chasse allemandes se poursuivent, mais le 28 juin, le lieutenant Heinz Schmidt du 3./JG 27 est tué au combat. Le dernier jour du mois, les Tomahawks du 250 Sqn. interceptés une formation de Ju-87 escortés par 12 G.50 italiens, dix Bf-109 du I./JG 27 et cinq Bf-110 du III./ZG26. Deux G.50, deux Ju-87 et deux Bf-110 ont été abattus, mais Oblt. Ludwig Franzisket du I./JG 27 a détruit un chasseur de la RAF et un autre a été perdu au profit de la même unité. Dans une action ultérieure ce jour-là, les Bf-109 du 7./JG 26 se sont affrontés avec les Hurricanes du 1 (SAAF) Sqn. et Uffz. Georg Mondry a revendiqué la destruction de l'un d'eux, dont le pilote a été tué. Un Bf-109 a été revendiqué endommagé par l'unité sud-africaine.
Auparavant, le 14 juin, Oblt. Gerhard Homuth, Staffelkapitan du 3./JG 27, était devenu le premier pilote d'Afrique du Nord à recevoir la Ritterkreuz. A cette époque, il avait 22 victoires aériennes. Le 1er juillet, le 7./JG 26 disposait d’ un effectif de 14 Bf-109 dont huit étaient utilisables. Huit jours plus tard l’ Oblt. Karl-Wolfgang Redlich, Staffelkapitan du I./JG 27 a reçu la Ritterkreuz après avoir remporté 21 victoires.
Le 15 juillet, une opération majeure eu lieu lorsque les Hurricanes des 73 et 229 Sqns. attaquent une formation de Ju-87 du II./St.G2 escortés par des Bf-109 du 7./JG 26 et des Bf-110 du III./ZG26. Dans l'action qui a suivi, les pilotes de la RAF ont réclamé six Ju-87 (trois équipages tués) et un Bf-110. Au sud-ouest de Ras Asaz, Oblt. Muncheberg a abattu l'un des Hurricanes qui poursuivait le Bf-110 de l’Ofw Heller. Deux jours plus tard, un Bf-109E-7 du 7./JG 26 fut détruit lors d'un atterrissage d’urgence à Derna, la cause sera identifiée comme un défaut de maintenance. Le 20 juillet Oblt. Ludwig Franzisket du I./JG 27 est devenu le troisième pilote de Bf-109 à recevoir le Ritterkreuz en Afrique du Nord avec 22 victoires. Neuf jours plus tard, la destruction de cinq Tomahawks est revendiquée par le 7./JG 26, la RAF perdant un pilote tué, un fait prisonnier et trois autres avions gravement endommagés.
Alors que les opérations des unités de Bf-109 en Afrique se poursuivaient jusqu'en août, le 7./JG 26 a signalé qu'il n'avait que quatre avions opérationnels sur un effectif de onze. Le principal problème était que les moteurs DB601 de la plupart de ces Messerschmitt se sont avérés inadaptés et très sensibles aux dommages dus aux conditions tropicales. Le sable fin du désert s infiltrait partout et la chaleur était si intense - les températures diurnes frôlaient souvent les 50 °- que les moteurs qui tournent trop longtemps au sol , surchauffaient très souvent et que l'essence se vaporiserait. Il a donc été décidé que les avions ainsi motorisés ne devaient plus être envoyés sur le théâtre nord-africain sans des modifications adéquates.
Le 21 août, trois bombardiers Maryland des 12 et 24 (SAAF) Sqns. sont abattus par des Bf-109 du I./JG 27 et deux par le 7./JG 26, l'ancien Gruppe revendiquant également trois Hurricanes et deux Tomahawks. C'était la dernière mission connue du 7./JG 26 en Afrique du Nord et à son retour en France à la fin du mois, il avait remporté au moins huit victoires en Afrique du Nord, dont cinq par Muncheberg.