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Afin de les aider à franchir ce moment difficile, le professeur Charles Xavier a créé une école spécialisée où il les forme à utiliser leurs pouvoirs et à s’accepter eux-mêmes. Il leur apprend également à vivre en harmonie avec les humains « normaux ».
Mais d’autres mutants, qui n’ont pas eu la chance de rencontrer le professeur Xavier, ou qui l'ont rejeté, se sont égarés sur la voie du mal. Regroupés parfois autour du mutant Magnéto, ils n’ont pour but que d’affirmer leur prééminence en réduisant l’humanité en esclavage.
Sur cet argument, les auteurs ont créé une multiplicité de mutants aux pouvoirs variés dont les affrontements sans cesse renouvelés ont assuré le succès de la série depuis une quarantaine d’années.
Se pose ainsi le problème du rapport de l'homme à son évolution et de l'intégration des différences. Les mutants, eux, se répartissent en deux groupes :
Proches du professeur Charles Xavier, ils croient à l'avantage de la différence et aux bénéfices du métissage des capacités.
Proches de Magnéto, les mutants se considèrent comme le stade évolué de l'homme et à ce titre, ce dernier est condamné à disparaître car il ralentit l'émergence d'une nouvelle humanité.
Le cadre général de la série, ses implications philosophiques et humaines, et les principales péripéties peuvent sembler fortement inspirés du chef d'œuvre d'A. E. Van Vogt À la poursuite des Slans, publié en 1940. Quoi qu'il en soit, elle s'inscrit manifestement dans la même veine[réf. nécessaire].
D'un coté un camp œuvrant pour le Bien mené par un paralytique , de l'autre un camp œuvrant pour le Mal mené par un mégalomane.... Toutes ressemblances entre Roosevelt et Hitler ne saurait que fortuite